换一批甲状腺乳头状癌颈部淋巴结转移相关基因的生物信息学分析
Bioinformatics analysis for genes related to cervical lymph node metastasis of papillary thyroid carcinoma
摘要目的:利用生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)颈部淋巴结转移的关键基因.方法:从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共数据平台高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库检索得到PTC的基因芯片GSE60542,使用GEO2R在线分析工具分别筛选PTC和癌旁组织的差异表达基因(差异表达基因集A)以及PTC与颈部淋巴结转移癌组织之间的差异表达基因(差异表达基因集B).进一步筛选出差异表达基因集A和差异表达基因集B交集的差异表达基因集C.通过生物信息学工具David,String,cBioPortal对差异表达基因集C进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析,并对差异表达基因集C进行生存分析.结果:通过分析GSE60542芯片数据,一共获得1 086个差异表达基因A、194个差异表达基因B、39个差异表达基因C.基因本体(Gene Ontology,GO)分析显示:差异表达基因集C主要的分子功能与氧化还原酶活性、蛋白质同源二聚化活性、生长因子结合有关;这些基因主要参与细胞增殖、甲状腺激素的产生、神经细胞凋亡过程的负调节、γ-氨基丁酸信号转导途径等生物学过程.通过cBioPortal在线分析网站,初步筛选出对患者生存时间影响较大的基因CCL21.结论:基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析PTC组织、癌旁组织以及颈部淋巴结转移癌组织间差异表达基因,并筛选出PTC颈部淋巴结转移相关的关键基因,为进一步研究PTC颈部淋巴结转移的分子机制提供一定的指导.
更多相关知识
主题词
基因(Genes)淋巴结(Lymph Nodes)肿瘤转移(Neoplasm Metastasis)计算生物学(Computational Biology)甲状腺(Thyroid Gland)
栏目名称
DOI
10.3978/j.issn.2095-6959.2020.02.001
发布时间
2020-04-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81670718）
- 浏览416
- 被引6
- 下载208
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
