换一批基于R语言子宫内膜癌脂代谢基因差异性分析及免疫组织化学验证
Differential analysis for lipid metabolism genes in endometrial cancer and immunohistochemical verification based on R language
摘要目的:探讨R语言在基因表达数据库中筛选子宫内膜癌相关的脂质代谢关键分子的可行性.方法:从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中筛选子宫内膜癌测序集GSE56087,基于R语言进行基因差异性分析及信号通路分析,从结果中选取可能有意义的高表达基因并进行免疫组织化学验证.结果:通过基因差异性分析、富集分析并结合信号通路分析,筛选出子宫内膜癌组织中代谢相关基因CYP3A4与NR1I2高表达.临床标本免疫组织化学显示CYP3A4与NR1I2在癌与癌旁组织的表达差异有统计学意义(P<0.05),但均非高表达.CYP3A4与NR1I2在不同子宫内膜癌分期中的表达情况的差异无统计学意义(P>0.05).结论:R语言对已有基因表达数据库进行基因差异性分析和信号通路分析是可行的.对GSE56087测序结果进行差异性基因分析发现,脂质代谢相关的CPY基因家族、NR基因家族有高表达,尤其CYP3A4与NR1I2,值得后续深入研究.
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