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不同基因型的丙型肝炎病毒E2蛋白生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of E2 Protein of Different Genotypes of Hepatitis C Virus

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摘要目的：对不同基因型的丙型肝炎病毒（HCV）E2蛋白进行生物信息学比较分析。方法从 GeneBank 中获取不同基因型 HCV 的 E2蛋白核苷酸与氨基酸序列，运用 DNA Star，Clustal X，BioEdit 等国际通用软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对，计算核苷酸和氨基酸同源性，应用 AntheProt5．0软件分析 HCV E2蛋白二级结构。结果不同基因型 E2蛋白氨基酸数在 HCV 蛋白中所占比例为10．93％～11．65％。不同基因型间 E2蛋白基因核苷酸同源性为61．1％～74．8％，氨基酸同源性为64．0％～82．2％；不同基因型 E2蛋白氨基酸序列比对显示3个高变异区域，分别为 aa1～aa28（突变率为71．4％）、aa74～aa101（突变率为71．4％）和 aa189～aa205（突变率为88．2％）；不同基因型 E2蛋白均富含潜在α螺旋（11％～21％）、β折叠（29％～43％）和卷曲结构（43％～51％）。结论不同基因型的 HCV E2蛋白存在较大异质性。