换一批日本通草蛉cDNA文库构建及部分ESTs分析
cDNA library construction and analysis of some ESTs of Chrysoperla nipponensis(Okamoto) (Neuroptera: Chrysopidae)
摘要本研究以日本通草蛉 Chrysoperla nipponensis(Okamoto)为材料,采用Oligo(dT)引物定向克隆构建cDNA文库并进行EST序列测定,旨在以基因库的形式进行种质资源的保存,为其遗传改良奠定基础,并为探讨其分类地位提供分子依据.对该文库质量分析表明:库容量为1.0×10 6,重组率为80.0%,平均插入片段为512 bp.测序后最终成功得到323条表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)序列,经Phrap程序聚类拼接后得到236条单基因簇(unigene),包括86个重叠群(congtigs)和150个单拷贝(singlets).使用NCBI中的BlastN和BlastX程序对236条ESTs进行本地化搜索, BlastN的结果表明: 180条ESTs(76.3%)没有注解, 56条ESTs(23.7%)与GenBank上公布的序列有较高的同源性,其中一条序列被确定为该种的16S rRNA基因,利用MEGA软件构建了基于该16S rRNA序列草蛉科的系统发育树,结果显示通草蛉属 Chrysoperla 与叉草蛉属 Dichochrysa 、玛草蛉属 Mallada 、草蛉属 Chrysopa 的亲缘关系比较近,这与传统分类相吻合.BlastX的比对结果为197条ESTs(83.5%)有功能注解, 39条ESTs(16.5%)无注解或score值小于100.使用GO(gene ontology)数据库对236条ESTs序列进行功能注释,结果表明: 142条ESTs(59.7%)有注解,并表达出40多种基因产物.
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分类号
Q966（昆虫生物化学）
栏目名称
DOI
10.3321/j.issn:0454-6296.2008.08.002
发布时间
2008-11-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家科学技术基础条件平台项目（2005DKA21105）
国家科学技术基础条件平台项目（2005DKA21402）
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