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基于TCGA和GEO数据库构建前列腺癌ceRNA网络并筛选相关lncRNAs

Construction of prostate cancer ceRNA network based on TCGA and GEO and screening related lncRNAs

摘要:

目的 利用在线数据库识别前列腺癌中的差异表达基因(DEGs),并基于生物信息学构建前列腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络.方法 下载肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中前列腺癌的RNA测序(RNA?seq)数据和miRNA?Seq数据,筛选出差异表达长非编码RNA(DElncRNA)、差异表达微小RNA(DEmiRNA)和差异表达信使RNA(DEmRNA).下载基因表达数据库(GEO)中GSE21036数据集的芯片数据,获取DEmiRNA,与TCGA中得到的miRNA取下调型交集.预测交集中miRNA的mRNA及相关lncRNA,与DElncRNA和DEmRNA取上调型交集.据所得调控关系构建网络,并对mRNA进行功能和通路富集分析.结果 TCGA组分别获得上调的lncRNA 481个,上调的mRNA 693个,下调的miRNA 51个;GEO组下调的miRNA共18个.对两组下调的miRNA取交集,得到6个共存miRNA.将预测所得mRNA和lncRNA与DElncRNA和DEmRNA取上调型交集,分别获得103个mRNA和19个lncRNA.将所得19个上调的lncRNA、103个mRNA和6个下调的miRNA纳入前列腺癌ceRNA网络的构建.DAVID数据库的基因本体富集论(GO)分析结果显示了16个生物学过程(P<0.05),包括激活转录、RNA聚合酶II启动子转录相关调控、凋亡过程负调控等.KOBAS数据库的京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析结果涉及了激素分泌、Ras信号通路、FoxO信号通路、PI3K/Akt信号通路和cAMP信号通路等(P<0.05).结论 成功构建了促进前列腺癌发生、发展的lncRNA?miRNA?mRNA调控网络,筛选得到19个上调的lncRNA,为前列腺癌发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据.

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