换一批基于蛋白质相互作用网络对滑膜肉瘤生物学通路探索
Exploring the biological pathway of synovial sarcoma based on protein-protein interaction network
摘要目的 滑膜肉瘤(synovial sarcoma,SS)是一种来源不明的软组织恶性肿瘤,临床上较少见.随着分子生物学的不断发展,从分子层面了解滑膜肉瘤并发现其相关生物学通路,以此寻找其治疗靶点成为目前研究的热点.本研究通过建立蛋白质相互作用网络预测滑膜肉瘤的生物学通路,以期发现其相关作用靶点.方法 通过在线人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因,采用 Cytoscape 软件和插件 Agilent Literature Search进行文本挖掘并建立滑膜肉瘤的蛋白质相互作用网络;采用插件 Clusterviz,发现网络中可能包含的分子复合物;基于DAVID富集分子复合物的生物学通路.结果 通过人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因有67个;采用 Cytoscape 软件挖掘出滑膜肉瘤相关蛋白质相互作用网络包含 489个节点(蛋白质)和1 414条边(相互作用关系);Clusterviz插件发现其可能包含6个分子复合物;通过DAVID对这6个分子复合物进行富集,获得其相关生物学通路,以错误发现率(false discovery rate,FDR)<1为差异有统计学意义,最终获得分子复合物1有7条通路,分子复合物2有45条通路.分子复合物3、4、5和6的细胞通路FDR值均>1,差异无统计学意义.结论 分子复合物1主要与p53信号通路及细胞因子调节有关,且与膀胱癌有相关性;分子复合物2涉及通路较多,说明滑膜肉瘤的发生是一个受多种细胞通路、多基因构成的网络协同调控的复杂过程.
更多相关知识
- 浏览276
- 被引1
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
