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姜黄素作用于卵巢癌靶基因的生物信息学预测

Bioinformatics prediction analysis of curcumin in ovarian cancer

摘要:

目的:探讨姜黄素作用于靶基因的情况,并通过生物信息学技术分析预测参与的生物过程、信号通路和蛋白互作网络,从而探讨姜黄素对卵巢癌的作用.方法:利用PharmGKB数据库提取姜黄素的作用靶点,采用STRING9.1对姜黄素相关基因表达产物进行蛋白-蛋白相互作用的网络分析,采用WebGestalt数据库进行Pathway通路分析及GO功能注释,采用cBioPortal数据库和Human Protein Atlas分析,探索基因在癌组织中的表达情况.结果:从PharmGKB提取了10个靶点,将STRING9.1筛选出来的结果去重复,取交集,共筛选出386个与上述靶点相互作用的蛋白.应用WebGestalt数据库进行Pathway分析,得出10条通路,GO注释分类结果表明这些基因富集于18类分子功能,筛选出上述10条通路中与癌症相关的4条通路,利用cBioPortal数据库,将作用于该4条通路的基因整合,取交集,共得到7个hub基因,查询7个hub基因在卵巢癌中基因变异情况主要为基因扩增和基因缺失.利用The hunmanprotain atlas在线数据库,我们发现MAPK1、MAPK3、MAPK8在卵巢癌组织中高表达.结论:姜黄素可能通过MAPK通路,对卵巢癌的发生、发展起到一定作用.

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作者: 王一子 [1] 任芳 [1] 栾南南 [1]
期刊: 《现代肿瘤医学》2017年25卷24期 3924-3928页 ISTICPKU
分类号: R737.31
栏目名称: 基础研究
DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2017.24.002
发布时间: 2018-03-28
基金项目:
国家自然科学基金资助项目
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