基于高通量芯片和生物信息学探索肌萎缩侧索硬化发病相关基因?
Analysis of Amyotrophic Lateral Sclerosis Associated Genes Based on High-throughput Microarray and Bioinformatics
目的:从分子水平揭示肌萎缩侧索硬化(ALS)的发病机制,为临床诊疗提供新工具。方法在 GEO 中检索ALS患者芯片数据,使用BRB-Array Tools、GSEA、GOEAST、TOPPGENE等生物信息学工具进行统合分析。结果对GSE56808和 GSE26276两个样本集进行数据挖掘,发现6个共同差异表达基因,并进行样本层次聚类,功能富集主要集中在氧化应激、钙代谢障碍、炎症反应、血管生成、线粒体代谢、其它神经系统退行性疾病、PI3K/AKT 通路、P38MAPK通路、NOTCH 通路等模块上。利用多种分类预测工具构建出一个包含6个特征基因的最优化分类器,基本可用于区分ALS患者和健康对照组。结论利用多种生物信息学方法从不同的角度定义了 ALS患者分子发病机制的表达特征,为进一步的生物学探索提供了依据。
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