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超声波细胞粉碎机在高通量测序片段化 DNA 中的应用

Application of ultrasonic cell disrupter in high-throughput sequencing DNA fragmentation

摘要:

目的:探讨超声波细胞粉碎机在高通量测序中应用的最佳 DNA 片段化条件。方法 DNA 样品在冰浴条件下采用不同的超声功率、单次间隙时间和超声时间、工作时间(单一样品超声破碎时间)、仪器连续工作时间,通过琼脂糖凝胶电泳和2100生物分析仪分别检测基因组 DNA 片段化和羟甲基化免疫共沉淀效果。结果超声功率280 W、间隙时间/超声时间5 s/5 s、总工作时间18 min,仪器连续工作时间不超过90 min,超声波处理时样品始终保持冰浴环境可获得高通量测序需要的、长度主要集中在200~500 bp 之间的 DNA 片段。结论在我们优化的实验条件下,利用超声波细胞粉碎机可以得到重复性较好的基因组 DNA 片段,可满足高通量测序文库构建中对 DNA 片段质量的要求。

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作者: 李根亮 [1] 卢舒雨 [1] 许苡侥 [1] 黄捷 [1] 黄晓敏 [1] 肖娟 [1] 农嵩 [1]
分类号: Q93-33
栏目名称: 论著与临床报道
DOI: 10.3969/j.issn.1001-5817.2016.05.003
发布时间: 2017-04-11
基金项目:
国家自然科学基金 广西自然科学基金 右江民族医学院博士科研启动基金 2013年度广西高校科学技术研究项目 广西自治区级大学生创新创业训练计划项目 右江民族医学院校级大学生创新创业训练计划项目
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