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肺癌是全世界癌症死亡的首要原因，在我国，肺癌也是发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。肺癌按组织病理学主要分成两大类：小细胞肺癌（small cell lung cancer, SCLC）和非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）。NSCLC主要又分成鳞状细胞癌（squamous cell carcinoma, SQCC）、腺状细胞癌（adenocarcinoma, ADC）和大细胞癌（large cell carcinoma, LCC）。其中SQCC和ADC是NSCLC的两大主要组织病理学类型。近年来，在NSCLC中，尤其在ADC中，国内外学者陆续报道了表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor, EGFR）、KRAS等基因的突变以及针对这些驱动基因的靶向药物治疗给ADC患者带来的获益，而在肺鳞癌中却缺少可利用的基因突变。传统上，在治疗SQCC和ADC的策略上无明显区别。而最近越来越多的临床试验表明一些靶向药物以及新一代化疗药物对SQCC和ADC亚型患者的疗效存在很大差异。本文主要从基因组方面探讨两种肺癌之间的差异，并对SQCC中成纤维细胞生长因子受体1（fibroblast growth factor receptor 1, FGFR1）、10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源物（gene of phosphate and tension homology deleted on chromosome ten, PTEN）、PIK3CA、血小板源性生长因子受体A（platelet-derived growth factor receptor A, PDGFR）、盘状结构域受体2（Discoidin Domain receptor 2, DDR2）等驱动基因突变，以及针对这些基因突变的靶向治疗的进展进行综述。