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全基因测序分析耐甲氧西林金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药相关变异位点

Whole genome sequencing for analyzing mutation sites in linezolid-resistant methicillin-resistant Staphylococcus aureus

摘要:

目的 通过全基因组测序研究利奈唑胺(LZD)敏感株和诱导耐药耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MR-SA)之间基因变异位点差异,了解LZD耐药基因变异位点.方法 采用不同浓度梯度的LZD对遗传背景清晰的MRSA-MS4母株进行诱导,获得LZD耐药菌株MRSA-MS4-LZD100,测定最低抑菌浓度(MIC),采用普通聚合酶链反应(PCR)扩增MRSA-MS4-LZD100 23S rRNA V区及核糖体蛋白L3/L4基因,测序后与野生株比较,获得相应的突变位点;采用Illumina HiSeq 2000测序技术对样品DNA进行paired-end(PE)测序,构建Illumina PE文库,利用生物信息学完成该菌株的全基因组测序.结果 经过32代诱导,获得MRSA-MS4-LZD100菌株,其LZDMIC为96 μg/mL.PCR测序分析提示其V区多拷贝基因均存在G2447T突变,L3蛋白存在Gly113Val突变;全基因组包含2 744 315 bp碱基对,注释后共有2 509个基因,11个tRNA编码基因,以及2个完整的rRNA基因编码操纵子,获得PubMed全基因序列号(JXMJ00000000);共找出101个SNP和6个Small indel突变,发生于外显子的SNP占16个,SNP后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括IstB ATP结合区域包含蛋白、凝集因子A及转座子IS1272等,而发生于外显子的Small indel占3个,Small indel突变后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括假设蛋白、30S核糖体蛋白S1、凝集因子A.结论 经LZD诱导获得LZD耐药MRSA-MS4-LZD100菌株,测序分析提示该菌株存在除23S rRNAV区及L3蛋白基因以外的突变位点,为进一步研究隐性LZD耐药机制指明了方向.

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作者: 姚伟明 [1] 陈重 [1] 蒲彰雅 [1] 王红燕 [1] 程航 [1] 李多云 [1] 郑金鑫 [1] 邓向斌 [1] 刘晓军 [1] 邓启文 [1] 余治健 [1]
第一作者: 姚伟明
作者单位: 深圳大学南山区人民医院内源性感染诊治研究重点实验室,广东深圳,518052 [1]
分类号: R378.1+1
栏目名称: 论著
DOI: 10.3969/j.issn.1671-9638.2017.01.001
发布时间: 2017-04-24
基金项目:
深圳市重点学科资助项目 深圳市科技创新课题 深圳市重点学科经费资助 深圳市南山区课题资助
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