换一批非小细胞肺癌甲醛固定石蜡包埋组织储存年限对DNA靶向捕获二代测序的影响
Effect of storage time for non-small cell lung cancer FFPE samples on DNA detection using capture-based next-generation sequencing
摘要目的:探讨非小细胞肺癌（NSCLC）甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的不同保存年限对DNA质量及靶向捕获二代测序的影响。方法:收集上海市胸科医院经手术切除、FFPE后常规储存的NSCLC标本共147例。这些标本按储存年限分为<1年（ n=43）、1~3年（ n=40）、>3~5年（ n=37）、>5年（ n=27）4组，采用磁珠法提取DNA，然后对其进行靶向捕获二代测序。分析不同保存时间对DNA片段化程度、文库产量、文库复杂度、测序成功率及测序突变类型的影响。 结果:随标本保存年限的增长，DNA片段化程度增高；文库总产量、总建库复杂度、测序成功率降低；测序单碱基突变类型C>T（G>A）频率最高。结论:在常规FFPE标本储存条件[可控的低湿度室温（20~25 ℃）环境]下，3年内的FFPE标本能够进行二代测序且结果高度可信；>3~5年的FFPE标本可进行二代测序，但存在假阴、阳性结果；5年以上的FFPE标本大部分仅可尝试进行二代测序检测。
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医学主题词
癌, 非小细胞肺(Carcinoma, Non-Small-Cell Lung)甲醛(Formaldehyde)石蜡包埋(Paraffin Embedding)组织(Tissues)突变(Mutation)
栏目名称
DOI
10.3760/cma.j.cn112151-20200225-00135
发布时间
2020-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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