换一批
换一批H3N2亚型人甲型流感病毒HA1序列进化正向选择位点研究
Study on the detection of positive selected codons on HA1 sequence of human influenza A subtype H3N2
摘要：
目的 筛选H3N2亚型人甲型流感病毒红细胞凝聚素(HA1)序列中的正向选择位点,为进一步揭示流感病毒的变异规律.方法 从NCBI GenBank和流感数据库中下载甲型流感病毒H3亚型RNA4节段序列,用两步聚类法将全部序列分为6个年代类别,使用固定效应似然比检验模型分别筛选每一类中的正向选择位点,并使用两步聚类法归纳所筛选出位点的正向选择压力变化模式.结果 各年代类别筛选出的正向选择位点不完全相同,共有50个位点在进化过程中经历过正向选择,其中有42个位点属于5个抗原决定簇之一,A、B抗原决定簇在各年代均有较多的位点入选,且承受较大的免疫选择压力.50个位点可被归纳为7种变化模式,前6种模式的位点依次在某一个时间段存在正向选择,第7种模式则在多个年代中均存在正向选择.结论 分析结果提示流感病毒HA1序列在进化过程中的正向选择位点并非恒定,而是在不同年代中存在更替趋势.抗原决定簇A、B的变异在流感进化过程中起关键作用,8个位于非抗原决定簇正向选择位点有可能是未被识别的抗原决定簇位点.
更多
作者：
作者单位：
200032,上海,复旦大学公共卫生学院卫生统计与社会医学教研室
[1]
200032,上海,复旦大学公共卫生学院流行病学教研室
[2]
期刊：
《中华流行病学杂志》2007年28卷4期 385-389页
MEDLINEISTICPKUCSCD
分类号：
R3
栏目名称：
实验研究
DOI：
10.3760/j.issn:0254-6450.2007.04.020
发布时间：
2008-03-03
基金项目：
国家自然科学基金
- 浏览：231
- 被引：5
- 下载：16
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
