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胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用

Construction and primary application of oligonucleotide microarray specialized for pancreatic adenocarcinoma-associated genes

摘要:

目的 探讨胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的构建,初步验证其在检测胰腺癌基因表达谱方面的应用. 方法 有目的地筛选胰腺癌相关基因,采用合成后点样的方法,制成寡核苷酸基因芯片.TRIzol法抽提组织总RNA,在cDNA第一链合成过程中,通过反转录酶将CyDye标记核苷酸直接掺入到cDNA中制备荧光探针,其中用Cy3-dCTP标记胰腺癌组织,Cy5-dCTP标记正常胰腺组织.将荧光标记探针与芯片杂交16~18 h.用Agilent扫描仪进行扫描,Imagene3.0软件进行图像分析,计算两种荧光Cy3与Cy5信号强度的比值.挑选差异基因CDC25B和TUSC3进行荧光定量PCR(Sybrgreen方法)验证,PCR产物的定量方法采用比较Ct法. 结果 芯片杂交扫描图像信号清晰,具有较低的整体背景和较高的信噪比,各阳性质控点信号均匀一致,阴性质控点和空白点信号低.与正常组织相比,胰腺癌组织中差异表达基因24条,占全部基因的25.5%,其中上调基因17条(18.1%),下调基因7条(7.4%).荧光定量PCR验证,CDC25B和TUSC3基因在胰腺癌中的表达趋势与芯片实验的结果一致. 结论 本研究制备的胰腺癌相关基因芯片可同时、并行检测多种胰腺癌相关基因的表达改变,具有一定的特异性和敏感性.胰腺癌组织与正常胰腺组织相比,基因表达谱具有明显差异.

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作者: 石欣 [1] 卫文俊 [2] 高乃荣 [1] 程张军 [1] 汤永辉 [1]
第一作者: 石欣
期刊: 《中华外科杂志》2007年45卷1期 39-42页 MEDLINEISTICPKUCSCD
分类号: R73
栏目名称: 胰腺肿瘤
DOI: 10.3760/j:issn:0529-5815.2007.01.011
发布时间: 2007-03-27
基金项目:
国家自然科学基金
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