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中国HIV-1 B/C重组病毒的gag-pol区基因序列特征分析

Sequence analysis of gag-pol gene of HIV-1 B/C recombinant viruses in China

摘要:

目的对6株中国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B/C重组病毒的完整gag基因和部分pol基因进行序列分析,从基因水平上分析是否存在新模式的B/C重组病毒并与其母本毒株进行比较研究,尝试对其不同的生物学表型进行解释.方法从确诊的HIV感染者的全血样本中,提取样本基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增后,将扩增产物进行纯化和测序.然后将所得序列进行系统进化树和氨基酸变异分析.用Simplot软件进行序列重组分析并确定重组断点区域;用MEGA软件按断点分段做基因进化树分析以验证该断点的正确性;用GCG软件包的Distance程序计算基因距离.并分析所研究的HIV-1 B/C重组毒株长2550 bp基因区段的分区段的基因离散率及基因重组对其功能可能造成的影响.结果新疆5份样本均未发现重组断点的变化,而重庆1份样本的逆转录酶区内的B/C断点发生了160个核苷酸的移动.氨基酸序列分析显示,我国流行的B/C重组株与其母本B、C毒株之间发生第286位(R→ K/N)和第799位(A→ T)的变化.结论我国现在流行的HIV-1 B/C重组病毒仍以CRF07-BC和CRF08-BC两种模式为主,在本研究涉及的基因区内尚未发现新模式重组毒株的流行.初步分析表明我国B/C重组毒株286位和799位氨基酸的变异可能为B/C重组株在我国流行中获得传播优势的原因.

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