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基于转录组测序的赤苍藤根、茎和叶基因表达分析

Transcriptiomic data analysis of roots, stems, and leaves of Erythropalum scandens

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摘要为获得赤苍藤的转录组信息特征,利用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台对赤苍藤根、茎、叶进行了无参转录组测序分析.结果获得143412个unigene,平均长度为542.04 bp,平均GC含量为48.66％.BLAST分析表明,分别有18787(13.10％)、28669(19.99％)、19657(13.71％)、32934(22.96％)、35228(24.56％)、26046(18.16％)个unigene在Swiss-Prot、Nr、Pfam、GO、KEGG和eggNOG数据库中得到注释.利用DESeq筛选差异表达基因,其中叶和根间的差异基因有20519个,根和茎间的差异基因有12154个,而叶和茎间的差异基因有18498个;KEGG富集分析发现,差异基因主要富集在糖基转移酶、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢以及苯丙素生物合成等代谢途径.进一步分析参与赤苍藤有效成分生物合成相关基因发现,有96个差异基因参与苯丙素生物合成途径,且主要在茎部高表达.同时获得具有氧化/羟基化功能的CYP450基因132个,具有糖基化功能的糖基转移酶基因108个.该研究在无基因组参考的情况下,探讨了赤苍藤根、茎、叶的转录组信息特征,为后期赤苍藤基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制的研究提供参考.