基于生物学数据库GATA3在乳腺癌中表达和预后及相关分子信号分析
Bioinformatics analysis of GATA3 expression,prognosis and related molecular signals in breast cancer based on biological database
摘要目的 基于全基因组表达谱数据库,探讨新兴肿瘤治疗靶点GATA家族的GATA3在乳腺癌中的mRNA表达水平,及与乳腺癌患者预后的关系和分子机制.方法 通过UALCAN在线分析乳腺癌组织和正常组织中差异表达的基因.采用Kaplan-Meier Plotter进行GATA3表达水平与乳腺癌患者的生存分析.应用DAVID(The Database for Anno-tation,Visualization and Integrated Discovery)网站将筛选出的差异基因进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号转导通路富集分析.通过STRING在线软件和Cytoscape软件进行GATA3相关的蛋白互作网络(PPI)分析.结果 相比正常乳腺组织(中位值=97.42,四分位间距=50.07),GATA3在乳腺癌组织高表达(中位值=294.39,四分位间距=108.71),差异有统计学意义,P<0.001.生存分析中,GATA3高表达的总体乳腺癌患者无复发生存期(RFS)比低表达患者延长(HR=0.71,95%CI:0.70~0.84,P<0.05),GATA3高表达的ER阳性(HR=0.82,95%CI:0.67~0.99,P<0.05)或淋巴结阳性(HR=0.62,95%CI:0.49~0.77,P<0.01)的乳腺癌患者预后较好,差异有统计学意义.GO富集分析提示,GATA3涉及细胞增殖、细胞迁徙、对雌激素的反应及对药物的反应等多个细胞生物学过程.蛋白互作网络证实,GATA3与ESR1、FOXA1等是ER信号通路中的重要分子信号.结论 GATA3在乳腺癌组织中高表达,与乳腺癌好的预后有关联,GATA3参与对雌激素的反应等通路,同时与ER信号通路的多个基因存在相互作用,是潜在的治疗靶点.
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