换一批棉属四倍体AD1与二倍体A2、D5基因组的同源SSR分析
Homologous simple sequence repeats (SSRs) analysis in tetraploid (AD1) and diploid (A2, D5) genomes of Gossypium
摘要SSRs(Simple sequence repeats)是一类广泛存在于动植物基因组的DNA短串联重复序列，是重要的基因组分子标记。比较不同基因组同源SSR的差异，有利于了解相近物种间的进化过程。文章使用雷蒙德氏棉基因组(D5)、亚洲棉基因组(A2)全基因组序列和陆地棉(AD1)的限制性酶切基因组测序数据，进行全基因组SSR扫描，比较了A组和D组的SSR分布情况，通过识别3个基因组之间的同源SSR，比较它们之间同源SSR重复序列的差异。结果发现，A组和D组同源SSR的分布规律非常相似，但A组与AD组的同源SSR保守性比D组与AD组同源SSR的保守性强。与AD组同源SSR相比，A组中重复序列长度增长的SSR数量约为长度缩短的SSR数量的5倍，在D组中这一比值约为3倍。可以推测，四倍体AD组在与A组、D组的平行进化过程中，由于基因组融合，导致SSR的重复序列长度变化速率与二倍体A、D组有差异，同时这种差异可能导致了 AD组 SSR重复序列长度在进化过程中与二倍体相比有变短的趋势。文章首次对3个棉花基因组的同源SSR进行了系统地比较，发现了同源SSR在棉属四倍体基因组和二倍体基因组中的显著差异，为进一步揭示棉属基因组的进化规律提供了基础。
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DOI
10.16288/j.yczz.14-274
发布时间
2015-03-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家科技支撑计划（2013BAD01B03）
国家科技基础条件平台建设计划（2012-014）
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