小龙虾抗白斑综合征病毒(WSSV)基因的识别软件
项目年度编号:
2000240052
中图分类号:
TP319
成果公布年份:
2020
成果简介:
技术领域:该实用新型专利属于水产养殖技术领域。
背景技术:白斑综合症病毒(WSSV)是甲壳动物如对虾、淡水小龙虾、蟹及龙虾等的重要病原。研究表明淡水小龙虾在受到病原菌侵害时,通常会启动多重的细胞和体液免疫反应。由于小龙虾具有优良的抗细菌和抗病毒的能力,小龙虾已成为中国最重要的养殖水生物种之一。为从转录组水平研究小龙虾抗白斑综合征病毒基因,开发了一款基于相似性序列查找的方法预测待分析的小龙虾转录组数据中抗白斑综合症病毒(WSSV)基因的软件。该软件的主要功能是预测小龙虾体内抗白斑综合征病毒基因,因此该软件有助于研究小龙虾的先天免疫机制及抗WSSV机理。
技术原理:该软件提供批量预测小龙虾转录组数据中抗白斑综合症病毒基因的功能,并提供抗白斑综合症病毒基因的分类等信息。抗性基因识别策略是使用相似性序列查找的方法识别小龙虾转录组数据中的抗白斑综合症病毒基因。
技术创造性与先进性:软件基于BLASTn的相似性序列查找充分考虑了核酸水平的相似性(identity)和覆盖度(coverage),提高了软件预测小龙虾转录组数据中抗白斑综合症病毒的准确性。
适用范围:小龙虾抗白斑病病毒基因的筛选。
应用情况及存在的问题:该专利仅限于单位内部使用,未进行转化应用,主要问题是小龙虾养殖密度较低,而白斑病毒仅在环境恶劣时造成小龙虾死亡,因此暂时对抗性基因筛选需求较少。且小龙虾育种工作尚处于初始阶段,主要选育方向集中在快速生长方面。
完成单位:
广西壮族自治区水产科学研究院
完成人:
王大鹏 陆专灵 唐章生
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