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摘要多环芳烃普遍存在于环境中，是国际公认的致癌有机污染物，由于其难降解，半衰期长，易沉积于土壤、湖泊、河流中而被人们广泛关注。生物降解具有高效、安全、经济、便捷的特点本人们广泛研究。<br>　　本研究从长期受多环芳烃污染的土壤中分离筛选得到一株能够降解菲的菌株DY123-6。通过对菌株DY123-6菌落形态与生理生化特征分析、Biolog分析、16S rRNA序列分析及全基因组分析，发现菌株DY123-6属于假单胞菌属，但疑似新种，所以现将菌株DY123-6命名为Pseudomonas sp.DY123-6.。通过单因素实验分析不同环境条件对菌株DY123-6降解菲能力的影响，结果表明，菌株DY123-6对温度、盐浓度、pH都有较宽的耐受范围。其中菌株DY123-6对温度的耐受范围为15-40℃（最优30℃），pH5.0-11.0（最优8.0），NaCl浓度(v/w)为0％-7％（最优3％），因此菌株DY123-6属于中度嗜盐降解菌株。通过对底物浓度的研究发现，菌株DY123-6不仅可以在低浓度环境中对菲进行(min:0.5-10mg/L)降解，也可以在高浓度下降解(20-400mg/L)，当菲浓度在20-80mg/L时，菌株DY123-6可以完全降解。因此，菌株DY123-6在最适降解条件下，培养6天能将100mg/L的菲降解98％。底物谱分析表明，菌株DY123-6可高效降解萘、芴、苊、联苯。研究表明，当萘和菲共同作为碳源和能源时，菌株DY123-6能在4天内将100mg/L的菲完全降解。通过高效液相色谱分析检测了菌株DY123-6降解菲的中间产物，确定了菌株DY123-6通过3,4位开环产生1-羟基-2-萘甲酸并进入萘途径将菲完全降解。<br>　　利用第二代测序技术(Next-Generation Sequencing，NGS)，对菌株DY123-6进行来了全基因组测序，获得了菌株的全基因组序列。菌株DY123-6含有一个环状基因组(3.5Mb，G+C含量63.74％)不含质粒，对基因组进行编码序列预测得3395个编码序列(CDS)，其中分别有3117、1929、2564个CDS被注释到COG、KEGG、GO中。通过比较基因组学分析，获得了编码降解多环芳烃的双加氧酶基因，包括联苯、菲和萘的完整的降解基因簇。<br>　　利用iTRAQ技术进行了差异蛋白组学分析，在其它条件相同的情况下，通过底物的不同（菲、萘共降解，菲单独降解），来分析蛋白表达的差异。分析得到，在菲、萘共降解的情况下对于菲降解的基因簇nahAbAcAdBCDHL的蛋白基因表达量与菲单独降解相比明显上调，且与降解相关的细胞渗透性蛋白、ATP的结合蛋白、铁氧运输蛋白的表达量也明显上调。