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瘤胃微生物RNA提取中样品前处理方法的优化

Optimization of Sample Pretreatment in Rumen Microbial RNA Extraction

摘要:

通过优化瘤胃液前处理方法,提高瘤胃微生物RNA提取数量与质量.试验优化4个前处理条件,共组合形成5个处理组.前处理完成后,利用Trizol进行RNA提取,检测RNA浓度和完整度(RIN).结果 显示,提取瘤胃内容物和瘤胃菌体RNA浓度和完整度的影响没有显著差异(P>0.05).液氮保存的样品提取的RNA浓度和完整度均显著(P<0.05)高于RNA保护液保存的样品.解冻处理对RNA浓度的影响无显著差异(P>0.05),但是不解冻处理提取的RNA完整度显著高于解冻处理(P<0.05).液氮冷冻研磨提取的RNA浓度(P<0.05)显著高于常温研磨,但是对RNA完整度的影响没有显著差异(P>0.05).瘤胃内容物、液氮速冻、不解冻处理结合冷冻研磨方法所提取RNA的RIN值为9.43,完整度最高.瘤胃内容物、液氮速冻、解冻离心收集菌体结合冷冻研磨方法所提取的RNA浓度为1 048 ng/μL,为最高浓度.因此,瘤胃内容物直接液氮速冻并在不解冻条件下冷冻研磨,所提取的RNA效果最好,可用于后续宏转录组学试验.

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作者: 刘思佳 [1] 赵圣国 [1] 郑楠 [1] 王加启 [1]
第一作者: 刘思佳
期刊: 《微生物学杂志》2020年40卷1期 88-93页 ISTICCSCDCA
分类号: Q939.94
栏目名称: 研究报告
DOI: 10.3969/j.issn.1005-7021.2020.01.012
发布时间: 2020-06-16
基金项目:
国家重点研发计划项目 国家自然科学基金项目 中国农业科学院农业科技创新工程重大产出科研选题项目 中国农业科学院科技创新工程项目
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