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癫痫大鼠海马组织长链非编码RNA差异表达的研究

Long non-coding RNA expression profile of the hippocampus in a rat epilepsy model

摘要:

目的 利用基因芯片筛选癫痫大鼠海马组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs,分析lncRNAs在癫痫发病中的可能作用.方法 建立癫痫大鼠模型,提取海马RNA,利用Rat Gene 2.0 ST微阵列芯片分别检测5例癫痫及5例健康大鼠海马组织的lncRNAs和mRNAs表达,对差异表达的mRNAs进行GO、Pathway分析,构建lncRNAs和mRNAs的共表达网络,预测lncRNAs的可能功能.结果 按癫痫组与对照组的基因转录产物表达倍数大于1.2并且统计量P <0.05为标准筛选,得到差异lncRNAs 198个(上调92个,下调106个),差异表达mRNAs 1 804个(上调983个,下调821个).差异表达的mRNAs涉及离子转运、缺氧反应、细胞粘附、炎性反应等功能.Pathway分析显示,差异表达mRNAs在MAPK信号通路、局部粘附、p53信号通路、凋亡等方面功能的基因有显著地变化.生物信息学分析可初步预测差异lncRNAs可能的生物学功能及作用靶点.结论 本研究发现了癫痫大鼠海马组织中差异表达的lncRNAs和mRNAs,lncRNAs可能通过调控mRNAs的表达参与癫痫的发病或发展.

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