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我国人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸分析

Identification of signature amino acids in the env V3-V4 and flanking regions of human immunodeficiency virus type 1 predominant strains in China

摘要:

目的鉴定我国HIV-1主要流行毒株亚型的env V3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸,并阐明其在追踪传染源和研究疫苗中的作用.方法应用nested-PCR对157份来自我国12个省份的HIV-1毒株env区序列进行扩增,并使用ABI 377型测序仪测序,然后应用BLAST、GCG、MEGA和VESPA等生物学软件或程序对env基因V3-V4区及其临近区域序列进行基因型鉴定、系统树分析及特征性氨基酸鉴定.结果 157份样本包括54份B'(34.40%)、61份B'/C(38.85%)和42份CRF01-AE(26.75%)毒株.系统树分析结果显示,B'亚型毒株序列均与B.CN.RL42十分接近,B'/C毒株主要与97CN54A和97CNGX6F聚成一簇.而CRF01-AE序列与THCM240和97CNGX2F聚在一起,而且分别聚成明显不同的两个亚组.特征性氨基酸分析发现,我国B'和B'/C毒株分别具有8个保守的特征性氨基酸,而且与代表株的相同位点氨基酸基本一致.而CRF01-AE重组毒株具有11个保守的特征性氨基酸,其中有9个位点与97CNGX2F和TH.CM240不一致.包括这9个特征性氨基酸的样本主要来自除云南省以外的其他省份.结论目前流行于我国的B'和B'/C毒株具有单一的共同传染源,而CRF01-AE毒株可能是通过不同输入源或不同传播途径先后从泰国传入我国的.这将对我国艾滋病防治策略的制定和正在进行的疫苗研究具有重要的指导意义.

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