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miRNA RT-PCR引物设计优化及miR-192功能研究

摘要microRNA(简写miRNA)是目前研究最热门的非编码小RNA之一,它是一类长度约为22bp,由dicer酶从有特定二级结构的前体剪切加工成熟的,通过与靶mRNA3'UTR完全或不完全配对来调节基因的表达的单链RNA分子,它属于非编码小RNA家族的一员,在物种之间有很高的保守性,目前发现的人类miRNA为706个,其在体内的功能有待进一步的研究。<br>   本文通过对已发表的miRNA两种定量研究方法嵌套发卡结构(nested stemloop)及发卡结构(stem loop)RT-PCR进行比较发现,虽然这两种方法均可达到较好的定量效果,但是嵌套发卡结构的RT-PCR方法在检测灵敏度及特异性方面均优于发卡结构的RT-PCR方法。改变嵌套发卡结构的引物序列和结构以及PCR反应条件,并以检测灵敏度及特异性作为指标对miRNA定量PCR方法做了进一步探索。去掉反转录引物嵌套茎会引起非特异扩增,缩小嵌套环使检测灵敏度降低;增加或者缩短反转录引物的嵌套茎的长度对特异性无明显影响;延长反转录引物与miRNA配对部分的长度(overlap)使检测灵敏度提高,但是特异性降低,LNA修饰overlap可增加检测灵敏度,对检测特异性无明显影响。对PCR条件优化发现:升高退火温度可增加miRNA检测特异性而降低灵敏度;增加引物浓度均会有限提高miRNA检测灵敏度;反转录引物混合会增加引物间的相互影响,可用低浓度的反转录引物混合进行多miRNA检测。<br>   对miR-192功能研究发现:三种实验方法(MTT法、Celltiter法、EdU法)均证实miR-192抑制A549细胞增殖;对miR-192进行靶点预测及验证发现miR-192通过所预测的靶点作用于RB13‘UTR报告基因,对RB1蛋白的调控是在转录后水平调控,同时下调RB1蛋白的mRNA及蛋白水平;siRNA干扰RB1蛋白的表达降低了A549细胞活性。BALB/c小鼠体内试验进一步证实miR-192显著抑制肿瘤的生长。

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导师 张必良
学位信息:
中国科学院研究生院中国科学院大学 生物学 生物化学与分子生物学(博士) 2009年
分类号 R734.2
发布时间 2012-04-28
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