换一批胃癌化疗抵抗基因PMP22下游的生物信息学机制
The downstream bioinformatical mechanisms of chemoresistant gene PMP22 in gastric cancer
摘要目的 探寻外周髓磷脂蛋白22(PMP22)的下游关联基因及其通路,为揭示胃癌化疗(CTx)抵抗的分子机制提供基础.方法 基因表达数据库(GEO)获取短发夹核糖核酸敲减和未敲减PMP22的数据库系列(GSE)数据GSE94714,数据库R语言(GEO2R)分析差异表达基因,筛选后行富集和通路分析,互作基因检索工具(STRING)数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,细胞图景(Cytoscape)的分子复合物探测(MCODE)模块分析,细胞核心插件(CytoHub-ba)筛选网络中的关键基因,癌症药物敏感性基因组学(GD-SC)数据库分析基因与药物敏感性的关系.结果 PMP22下游10倍变化的差异基因314个,上调283个,下调31个,主要富集于细胞黏着连接、细胞-细胞黏附、多聚腺嘌呤核糖核苷酸结合和细胞周期通路.PPI中4个亚模块主要与剪接体、泛素介导的蛋白水解通路(P＜0.01)和3个反应组学(REACTOME)通路(P＜0.05)关联,最大集团中心性(MCC)算法得到包括肽基脯氨酰异构酶E(PPIE)、核内不均一性核糖核蛋白A1(HNRNPA1)、Y框结合蛋白1(YBX1)的关键基因10个,富含腺嘌呤胸腺嘧啶(AT)蛋白质1A交互域(ARID1A)、死亡盒(DExH)解旋酶9(DHX9)与癌细胞对顺铂的敏感性有关.结论 PMP22主要通过多种细胞组分、分子功能、生物过程和通路参与胃癌CTx抵抗,ARID1A等关键基因和细胞周期、剪接体、泛素介导的蛋白水解通路是治疗胃癌PMP22相关CTx抵抗的潜在靶点.
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