生物信息学预测类风湿关节炎核心基因与互作miRNA
Prediction of key coding genes and miRNAs associated with rheumatoid arthritis using bioinformatics
目的 通过生物信息学分析筛选类风湿性关节炎(RA)滑膜炎中相关的核心差异基因与相互作用的微小核糖核酸(miRNA).方法 通过GEO数据库下载基因芯片GSE55235,通过R语言3.5.0筛选出差异表达基因,并通过David在线数据库进行功能富集分析.应用String 10.5、Cytoscape v3.6.1和MCODE插件建立蛋白相互作用网络,筛选出RA发生过程中的核心基因.通过CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA.结果 筛选出605个差异表达基因,其中上调314个,下调291个.其功能主要富集于免疫反应和细胞大分子生物合成和结合等过程.蛋白相互作用网络共有552个节点和5 163条边,筛选出了前4的作用模块和10个核心基因:蛋白酪氨酸磷酸酶受体C型(PTPRC)、血管内皮生长因子α(VEGFα)、纤连蛋白1基因(FN1)、整合素亚基M(ITGAM)、表皮生长因子(EGFR)、CD86、基质金属蛋白酶9(MMP9)、整合素亚基β32(ITGB2)、TYRO蛋白酪氨酸激酶结合蛋白(TYROBP)和MYC.并预测了36个miRNA可与其中3个核心基因靶向性相互作用.结论 筛选出的核心基因与相互作用的miRNA可能成为RA潜在治疗的靶点.
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