基因组不稳定相关LncRNA模型预测结肠癌患者预后和顺铂药物敏感性

Construction of Genomic instability-associated LncRNA models to predict prognosis andcisplatin sensitivity in colon cancer patients

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摘要目的探索结肠癌基因组不稳定性相关的长链非编码RNA(LncRNA)和其预测临床预后及治疗的潜力.方法差异分析采用R包"limma",使用单因素Cox分析和多变量Cox比例风险回归分析构建预后风险模型.预后差异采用Kaplan-Meier法评价,log-rank检验差异显著性.预后模型能效通过时间依赖的受试者工作特征曲线下面积(AUC)进行评价.使用R包"pRRophetic"对患者进行抗癌药物敏感性预测.使用R软件包rms建立了列线图,并计算列线图总体的一致性指数.应用实时荧光定量PCR法检测预后保护因素表达水平差异.结果共获得22个与患者预后基因组不稳定相关LncRNAs,2个为结肠癌患者预后的保护因素,20个为预后危险因素.构建了一个基因组不稳定相关LncRNAs构成的预后模型,高风险评分的患者的AUC更低,中位生存期更短.该模型预测五年生存的AUC在训练集中为0.823,在验证集中为0.722,在总体TCGA结肠癌患者中为0.759.低风险评分的患者顺铂的半数抑制浓度(IC50)更低,敏感性更高(P＜0.000 1).结肠癌组织中预后保护因素的表达显著低于结肠癌旁组织.结论构建一个由8个基因组不稳定相关LncRNAs组成的预后预测风险模型,并加以验证.此外,该模型还可以预测顺铂药物的敏感性.结合肿瘤分期(stage)和该预后模型构建一个列线图.该列线图对于结肠癌患者五年生存的预后预测能力要优于传统的组织病理学特征和前人所构建的预后模型.