基于生物信息学筛选与胶质母细胞瘤预后及免疫相关的铁死亡基因
Screening ferroptosis associated with glioblastoma prognosis and immunity based on bioinformatics
摘要目的 探讨胶质母细胞瘤(GBM)中铁死亡的分子机制,为确定新的治疗靶点提供思路.方法 从基因表达综合数据库(GEO)中选取数据集GSE108474 并通过 GEO2R获取GBM差异表达基因,与铁死亡数据库(FerrDb)中基因集对比,获得铁死亡相关差异基因;利用 DAVID 数据库进行GO和KEGG富集分析;利用String网站创建蛋白互作(PPI)网络;利用Cytoscape软件确认网络中连接度高的枢纽基因;利用TIMER网站进行预后和免疫浸润分析;利用GEPIA网站进行RNA表达量和基因相关性分析;利用HPA数据库分析枢纽基因蛋白表达差异;利用TISIDB数据库进行肿瘤免疫特征相关性分析;运用实时荧光定量 PCR 在 GBM 细胞A172 和U251MG与正常星形胶质细胞HA1800 间比较枢纽基因的mRNA差异.结果 5 331 个差异表达基因中有 114个铁死亡相关基因;GO和KEGG富集分析显示 114 个基因可能在正调控基因表达等方面发挥作用,并通过铁死亡和自噬-动物等途径影响肿瘤进展;114 个基因构成的PPI网络中确定了 10 个枢纽基因,其中细胞黏附分子 44(CD44)、鼠双微体基因 2(MDM2)和信号转导子和转录激活子 3(STAT3)高表达的 GBM 患者生存率较低;GBM 细胞中CD44、MDM2 和STAT3 的mRNA表达高于正常星形胶质细胞;高级别胶质瘤组织中CD44、MDM2 和STAT3 的蛋白表达高于正常脑组织;GBM中 3 个基因的表达均与铁死亡呈负相关;免疫浸润分析显示,GBM中CD44、STAT3 与噬中性粒细胞、CD4+T细胞和树突状细胞的浸润相关,MDM2 与树突状细胞和CD8+T细胞的浸润相关,并且 3 个基因与多种趋化因子以及趋化因子受体的表达相关.结论 CD44、MDM2和STAT3 可能在GBM铁死亡及肿瘤免疫调节过程中发挥作用,有望成为GBM的潜在治疗靶点.
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