换一批柯萨奇病毒A组6型构象表位的生物信息学预测
Bioinformatics-Based Prediction of Conformational Epitopes for Coxsackievirus A6
摘要柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)近年成为手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)最重要的病原体之一.本实验室在之前的研究中发展了人肠道病毒构象表位的生物信息学预测算法,并成功应用于柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)构象表位的预测,发现CV-A10的构象表位在病毒衣壳表面呈现site 1、site 2和site 3三簇分布.本研究中,应用相同算法对CV-A6的构象表位进行系统性预测,并将CV-A6和CV-A10这两种手足口病的病原体的构象表位进行对比.结果显示:CV-A6(A颗粒)和CV-A10(A颗粒)的构象表位具有高度一致的site 1、site 2和site 3三簇分布模式,而且这种分布一致性超过了CV-A10两种颗粒状态(A颗粒和成熟颗粒)的一致性,说明衣壳结构和颗粒状态对于构象表位非常重要.虽然CV-A6(A颗粒)和CV-A10(A颗粒)具有高度一致的构象表位分布模式,但在共享的58个氨基酸残基位点中,仅有21个(36.2％)残基保守,而且绝大多数构象表位都有3个以上残基差异,提示构象表位残基上的差异造成了CV-A6和CV-A10的血清型差异.CV-A6构象表位的预测结果,为其构象表位的实验鉴定、分子流行病学研究和疫苗研发提供了重要支持.
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DOI
10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003817
发布时间
2021-02-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
浙江省基础公益研究计划项目（LGF18C060001）
宁波市自然科学基金（2018A610240）
宁波大学研究生科研创新基金（G19131）
宁波大学大学生科研创新计划（2019SRIP1921）
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