基于网络药理学和分子对接技术探讨黄精治疗骨质疏松症的作用机制
Study on Mechanism of Action of Huangjing in the Treatment of Osteoporosis Based on Network Pharmacology and Molecular Docking Technology
摘要目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄精治疗骨质疏松症的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选黄精的主要活性成分及其相关靶点;使用GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(online mendelian inheritance in man,OMIM)数据库获得骨质疏松症的相关靶点,与黄精活性成分相关靶点进行映射,取交集得到黄精治疗骨质疏松症的潜在作用靶点;通过STRING数据库构建潜在作用靶点的蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并利用Cytoscape软件进行拓扑分析筛选核心靶点;采用Cytoscape 3.8.2软件构建"黄精-活性成分-潜在靶点"网络;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)信号通路富集分析;使用schrodinger软件对有效成分和核心靶点进行分子对接.结果:通过TCMSP数据库检索获得黄精活性成分9个及相关靶点86个.通过GeneCards数据库和OMIM数据库获得骨质疏松症相关靶点4 490个,黄精治疗骨质疏松症的潜在作用靶点59个.PPI网络拓扑分析筛选出度值排名前10位的关键靶点分别是丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threonine protein kinase 1,AKT1)、肿瘤抗原 p53(tumor protein p53,TP53)、丝裂原活化蛋白激酶14(mitogen-activated protein kinase 14,MAPK14)等;"黄精-活性成分-潜在靶点"网络拓扑分析发现黄精的有效成分包括黄芩素、β-谷甾醇等.GO功能富集分析得到298个生物过程、31个细胞组分及73个分子功能;KEGG信号通路富集分析获得85条信号通路;分子对接结果显示,黄芩素和β-谷甾醇与关键靶点AKT1、TP53的结合能均<-5.0 kcal·mol-1,具有良好的结合力.结论:黄精可通过多成分、多靶点、多通路调节骨代谢稳态平衡发挥抗骨质疏松作用.
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