换一批摘要草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda近年来在我国迅速扩散,造成了重大的经济损失,引起社会关注.草地贪夜蛾基因组序列对深入研究其迁飞、 入侵和抗药性等特性具有十分重要的作用.目前,已有5个版本的基因组序列被公开报道,但3个版本无基因组注释信息.除以Sf 9细胞系为DNA来源的基因组版本外,其他版本的scaffold N50过小,拼接质量偏低.为此,本研究选取了scaffold N50最大的草地贪夜蛾Sf 9细胞系基因组进行了蛋白编码基因注释.该版本的基因组重复序列占比28.1％.CEGMA评估显示该本版本基因组可覆盖93.6％的核心基因,BUSCO评估显示可覆盖90.8％的核心基因.利用OMIGA注释流程预测到25699个蛋白质编码基因,详细的基因序列可从InsectBase网站获得(http://www.insect-genome.com/FAW/),其中具有GO注释的基因为15623个,具有KEGG注释的基因共有9213个.选取了12个鳞翅目昆虫进行比较基因组学分析,发现草地贪夜蛾与斜纹夜蛾的亲缘关系最近,两者分化时间大约在1284万年前.对12个鳞翅目昆虫蛋白质编码基因进行同源分析,在草地贪夜蛾中发现了2490个单拷贝基因、891个鳞翅目特有基因、2360个物种特异扩增基因和4180个物种特异基因.GO富集分析显示,2360个物种特异扩增基因主要参与DNA整合、 代谢相关的生物过程;4180个物种特异基因主要参与酶活性、 光感受、 糖代谢等,KEGG通路富集发现草地贪夜蛾特异基因主要参与氨基酸代谢、 糖代谢和Wnt信号通路.本研究结果丰富了草地贪夜蛾的基因信息,对进一步了解其生物学特性、 开发新型绿色防控方法具有指导意义.
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DOI
10.3969/j.issn.1674-0858.2019.04.4
发布时间
2019-08-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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