换一批基于基因芯片数据分析非小细胞肺癌H460细胞顺铂耐药相关的靶基因及信号传导通路
Cisplatin resistance-related genes and signal transduction pathways in non-small-cell lung cancer H460 cell line： an analysis based on GEO
摘要目的 基于基因芯片数据分析非小细胞肺癌H460细胞株顺铂耐药相关的靶基因及信号传导通路.方法 从基因表达数据库(GEO)下载基因芯片数据,数据预处理后,使用R软件分析H460顺铂耐药细胞株与亲本细胞株中差异表达的基因.运用生物医学信息学方法(基因本体论使用DAVID在线软件进行分析,信号传导通路使用DAVID及Pathway在线软件进行分析)对差异基因的功能和富集的信号通路进行注释,进一步分析H460细胞顺铂耐药调控的关键基因及信号通路.结果 芯片数据分析显示,H460顺铂耐药细胞株较亲本细胞株表达水平显著上调的有7个基因,表达水平显著下调的有27个基因(P均＜0.01).基因本体论分析发现,差异表达的转录本多与肌动蛋白细胞骨架、细胞转移、细胞功能调控以及膜的组成相关.DAVID在线软件分析显示,差异表达上调的基因主要在8条通路中富集,下调基因主要在15条通路中富集.Pathway分析筛选出16条与H460细胞顺铂耐药相关的通路.结论 通过生物信息学方法对GEO基因芯片数据分析,发现了顺铂耐药相关靶基因及信号传导通路.
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关键词
基因表达数据库基因芯片非小细胞肺癌铂类耐药靶基因信号传导通路gene expression omnibusgene chipnon-small-cell lung cancercisplatin resistancetarget genessignal transduction pathways
医学主题词
基因(Genes)细胞(Cells)信号传导(Signal Transduction)癌, 非小细胞肺(Carcinoma, Non-Small-Cell Lung)顺铂(Cisplatin)
分类号
R734.2（呼吸系肿瘤）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1002-266X.2018.06.001
发布时间
2018-05-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81760548）
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