换一批无需测序的两步法鉴定遗传变异肽的工具开发
Two-step genetically variant peptide detection tool development without'next-generation'sequencing
摘要目的 构建包含遗传变异肽(genetically variant peptide,GVP)的参考蛋白质序列数据库,开发用于鉴定蛋白质组学数据中GVP信息的工具.方法 采集某个体毛干蛋白质组学数据,以dbSNP数据库中的遗传变异信息和SwissProt数据库中的参考蛋白质数据库,先构建包含全部蛋白质的GVP序列的数据库ComVarDB,再构建仅包含SwissProt数据库搜库结果中部分蛋白质GVP序列的数据库,对鉴定出的GVP结果进行分析和比较.结果 开发出基于Python的工具包2Steps_GVPtool,用于识别鸟枪蛋白质组学数据中的变异位点.在ComVarDB数据库中鉴定出14个GVP.在构建数据库时仅加入500个高表达蛋白质的GVP时,鉴定出的GVP最多,为18个.结论 通过迭代的搜索步骤,即基于第一步的常规蛋白质组学分析结果来优化所构建的数据库,只在数据库中包含一些高表达蛋白的GVP序列有助于识别更多的GVP.
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