磁珠富集法与5'锚定PCR法开发背瘤丽蚌微卫星标记的比较

Development of microsatellite markers from Lamprotula leai: A comparison of magnetic beads hybridization and 5' anchored PCR methods

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摘要利用磁珠富集法和5'锚定PCR法开发背瘤丽蚌的微卫星标记,将获得的多态性引物用于群体的遗传多态性分析,以期在比较两种开发微卫星标记方法的基础上同时获得一批有用的微卫星引物.从磁珠富集法获得的微卫星序列阳性克隆率为69.2％,重复次数超过10的占总数的70.2％,从设计的28对引物中筛选得到多态性引物11对,开发效率为39.3％.这11对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为4～13,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.205 ～0.738、0.566 ～0.839.而5’锚定PCR法获得的微卫星序列阳性克隆率为97.8％,重复次数超过10的占总数的24.7％,从设计的56对引物中筛选得到多态性引物19对,开发效率为30.4％.这19对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为3～10,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.208 ～0.894、0.431 ～0.896.实验结果表明,磁珠富集法所获微卫星序列质量高,开发微卫星标记效率较高；而5'锚定PCR法实验操作更简便,所获得的引物遗传多样性指数更高.两种方法开发的引物均可用于背瘤丽蚌和近缘种的野生种质资源遗传多样性研究.