NHP2调控肝癌细胞衰老机制的生物信息学分析

Bioinformatics Analysis on the Regulation Mechanism of NHP2 on Hepatocel-lular Carcinoma Senescence

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摘要为了探讨核糖核蛋白NHP2在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达情况,了解其与疾病进展与预后的关系,通过Quick Go、GEPIA 2在线数据库筛选HCC细胞衰老的差异表达基因并确定了研究对象基因NHP2;进一步使用STRING、TIMER 2.0、UALCAN数据库等生物信息学方法分析NHP2在泛癌中的差异表达以及在肝癌和其他泛癌中病理进展过程中的相关性,并预测预后生存关系;使用miRNet数据库分析其靶向miRNAs和lncRNAs,应用Cytoscape v3.8.0绘制可能的CeRNAs调控网络图.结果显示,在线数据库检索到细胞衰老相关生物学过程相关基因113个,HCC差异表达基因2 206个,共有19个差异表达基因参与了肝癌细胞衰老的生物学过程.其中,NHP2在包括HCC的多种癌症中显著高表达,NHP2高表达的肝癌人群预后较差,具有统计学差异.NHP2基因编码的互作蛋白有10个,主要参与了1个信号通路(KEGG信号通路)、6个分子功能(molecular function,MF)、11个细胞组分(cellular component,CC)和7个生物学过程(biological process,BP).结果预测出NHP2靶向miRNAs有2个,lncRNAs有57个.研究结果表明,NHP2在包括HCC的多种肿瘤中高表达,且根据患者的年龄、分期等状态有明显差异,在HCC增殖和衰老过程中,可能通过lncRNAs/miR-1-3p/NHP2或lncRNAs/miR-124-3p/NHP2调控轴进行调节,是HCC预后的预测因子和潜在治疗靶点.