换一批消癌平对肝癌细胞HepG2差异表达基因及可变剪接的影响
Effects of Xiaoaiping on the differentially expressed genes and differentially splicing in HepG2 cell line
摘要目的 通过RNA-seq分析消癌平作用前后肝癌细胞HepG2的差异表达基因(differentially expressed genes,DEG)及可变剪接(alternative splicing,AS).方法 本研究以HepG2细胞作为对照组,以质量浓度为40 mg/L消癌平作用24 h后的肝癌细胞为实验组,利用Illumina HiSeq平台对实验组和对照组进行分析,使用PossionDis方法进行DEG检测,使用rMATS软件检测不同样品间的AS和差异剪接基因(differentially spliced genes,DSG),并利用基因本体(gene ontology,GO)对其功能进行分类及富集分析.结果 与对照组比较,消癌平作用后共得到DEG 608个,其中上调基因147个,下调基因461个.对照组发生AS 21 387个,消癌平使HepG2 AS减少到19 265个,且两组均以外显子(SE)跳跃最多而内含子(RI)保留最少为主.对差异表达的AS行GO富集分析,提示其中生物过程相关的22个,细胞成分相关13个,分子功能相关的有8个.结论 消癌平诱导HepG2产生的大量DEG及AS在抑制肝癌生长增殖过程中发挥作用.
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分类号
R735.7（消化系肿瘤）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1006-5709.2019.11.002
发布时间
2019-12-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
湖北省自然科学基金（2014CFB960）
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