基于生物信息学筛选胃癌失巢凋亡相关基因并构建预后模型

Bioinformatics-based screening of apoptosis-related genes in gastric cancer loss and construction of a prognostic model

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摘要目的采用生物信息学方法探讨失巢凋亡相关基因(Anoikis-related genes,ANRGs)在胃癌中的预后价值,并建立了基于ANRGs的预后风险评分模型.方法从GeneCards数据库和Harmonizome数据库获得515个ANRGs.首先从TCGA数据库获得胃癌患者的基因表达数据和临床资料,并利用R4.2.2软件提取出差异表达的ANRGs,其次采用单因素COX回归筛选出与总生存期(OS)有关的ANRGs,再次采用LASSO回归和多因素COX回归构建ANRGs的预后风险评分模型.根据风险评分,将胃癌患者区分为高风险组和低风险组.最后计算ROC曲线下面积(AUC)和绘制Kaplan-Meier(K-M)生存曲线评估模型的预测性能,并使用GSE84437数据集进行验证.进一步评估风险评分与肿瘤免疫微环境之间的关系.将风险评分与临床病理特征相结合,建立基于ANRGs的列线图来预测总生存期.结果筛选178个差异表达的ANRGs,51个基因与预后相关,并从中选择10个基因来构建预后风险评分模型.该模型中,高风险组的总生存期显著低于低风险组(P＜0.001),训练集(AUCmax=0.723)和验证集(AUCmax=0.655)证明该模型对患者的预后显示出较好的预测性能.免疫功能分析表明,高风险组和低风险组具有不同的免疫状态.列线图结果表明,可以准确预测胃癌患者的生存率.结论本研究建立了一个由10个ANRGs组成的胃癌预后模型,该模型可为胃癌患者的个体化用药提供重要参考.