基于生物信息学分析HBV感染相关肝组织中免疫微环境枢纽基因

Bioinformatics analysis identifies immune-microenvironment-related hub genes in HBV-positive tissues

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摘要目的通过生物信息学分析HBV感染相关免疫机制,找出定位于HBV感染相关免疫微环境的潜在治疗靶点.方法从基因表达综合数据库下载GSE121248和GSE55092数据集.使用limma R软件包筛选HBV阳性肝组织样本与正常肝组织样本间的差异表达基因(DEGs).从GeneCards数据库中下载免疫相关基因集,与上述两组DEGs取交集后得到免疫相关的差异表达基因(i-DEGs).利用i-DEGs构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,以筛选可能与HBV感染相关的枢纽基因;使用多种网络工具评估枢纽基因与miRNA、转录因子、小分子药物的关联性.结果从GSE55092和GSE121248分别获得1417和789个DEGs,二者与免疫相关基因集取交集后得到324个i-DEGs.通过构建PPI网络,鉴定出TOP2A、CDK1、AURKA、NCAPG、KIF11、CCNB1、CDC20、BUB1B、CCNB2、CCNA2共10个枢纽基因.通过探索DGIdb数据库,鉴定出可以调控TOP2A、CDK1、AURKA、CCNA2表达的36种小分子药物.进一步研究发现,CDK1对于HBV感染的诊断效能最高,其表达水平与HBV相关免疫微环境中的6种免疫细胞浸润水平显著相关.结论本研究发现CKD1可能是调控HBV相关免疫微环境的关键靶点.