换一批牦牛CART基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析
Cloning, Single Nucleotide Polymorphism and Bioinformatics Analysis of CART Gene in Yak
摘要旨在克隆牦牛可卡因-苯丙胺调节转录肽基因(Cocaine-and amphetamine-regulated transcript,CART),获得基因全长序列并分析基因结构和相关遗传变异,检测单核苷酸多态性(SNP)位点在不同品种牦牛群体中的分布,通过生物信息学相关方法分析预测SNP位点对CART基因表达的影响,为牦牛CART基因功能研究奠定基础.以243头大通牦牛、208头天祝牦牛、208头甘南牦牛和53头帕里牦牛血样为材料,提取基因组DNA,克隆出牦牛CART基因全长序列;运用高分辨率熔解曲线分析技术(High-resolution melting,HRM)检测CART基因4个SNPs在4个牦牛品种中的分布,进行遗传统计分析,并应用生物信息学分析SNPs可能对基因功能产生的影响.本研究发现,牦牛CART基因4个SNPs,1个位于基因上游序列、1个位于内含子、2个位于3'-UTR.x2检验表明,除大通牦牛V-221位点和甘南牦牛V1816位点外,其他所有群体各个位点都处于哈代-温伯格平衡(P＞0.05).群体遗传学分析显示,V168和V1816位点属于中度多态,V-221和V1791属于低度多态,单倍型C属于优势单倍型.生物信息分析发现,V1791和V1816位点碱基变化导致RNA二级结构发生变化,可能会对CART基因的表达产生影响.
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分类号
S813.3
栏目名称
DOI
10.11843/j.issn.0366-6964.2013.08.007
发布时间
2013-12-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
现代农业(肉牛牦牛)产业技术体系专项资金（(CARS-38)）
甘肃省科技重大专项计划（(1102NKDA027)）
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