换一批水稻Trihelix转录因子家族全基因组分析及功能预测
Genome-wide analysis and functional prediction of the Trihelix tran-scription factor family in rice
摘要Trihelix 转录因子家族在植物生长发育以及响应逆境胁迫等方面发挥着重要作用，但目前基于水稻全基因组水平鉴定和分析该基因家族的研究尚未见相关报道。本文利用生物信息学方法在水稻基因组数据库中鉴定到Trihelix家族成员31个，序列聚类和功能结构域分析发现该家族均含有高度保守的、特征性的Trihelix结构域；根据亲缘关系远近和结构域特点，将其分为5个亚家族(Ⅰ~Ⅴ)。通过与拟南芥、二穗短炳草和高粱中Trihelix家族的聚类分析发现，这4个物种中Trihelix家族的分类相一致，但每个物种均含有不同亚家族的成员，表明该基因家族的分化早于物种的分化。基于MEME程序分析水稻Trihelix转录因子家族的保守基序与聚类分析结果具有较高的一致性。染色体区段复制分析表明，部分Trihelix家族成员在水稻以及水稻与其他物种之间存在种内和种间的染色体区段复制；生物芯片数据分析发现，Trihelix基因家族在水稻不同组织中、以及对6种不同植物激素的响应呈现多样化的表达谱。采用 RiceFREND 在线数据库分析发现，水稻 Trihelix 转录因子家族的20个成员与其他蛋白存在互作关系。本研究结果初步明确了水稻 Trihelix 转录因子家族的进化特点、染色体分布、染色体区段复制关系、组织表达、激素应答，以及该家族蛋白与其他蛋白质的互作情况，为进一步揭示Trihelix转录因子家族的分子进化规律和生物学功能奠定了基础。
更多相关知识
DOI
10.16288/j.yczz.15-196
发布时间
2016-01-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金项目（(编号31400169，30900871)）
江苏省自然科学基金项目（(编号BK20140454，BK2011409)）
淮安市科技计划项目（(编号HAC2014012)）
江苏高校品牌专业建设工程项目（(编号PPZY2015A018)）
:江苏省高校“青蓝工程”项目资助
- 浏览120
- 被引26
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
