换一批基于网络药理学和分子对接探讨银杏叶调控铁死亡抗帕金森病的潜在机制
Exploration of the potential mechanism of Ginkgo leaf on the regularization of ferroptosis and the confrontation of Parkinson's disease based on network pharmacology and molecular docking
摘要目的 通过网络药理学方法探讨银杏叶通过调控铁死亡抗帕金森病(Parkinsons's disease,PD)的可能靶标以及潜在的作用机制.方法 首先,从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中预测银杏叶活性成分及相关靶点,从Genecards数据库收集PD的靶点,从铁死亡数据库(ferrDB)获取调控铁死亡的基因.随后,取银杏叶活性成分靶点、PD靶点及铁死亡靶点三者的交互基因;然后,对交互基因进行蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络构建,运用软件Cytoscape 3.9.1可视化并筛选出关键活性成分和靶基因;最后,进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析.分子对接结果证明银杏叶活性成分与关键靶点对接良好.结果 经筛选共得到27种银杏叶活性成分以及209个潜在的蛋白作用靶点,PD靶点有1827个,调控铁死亡基因有259个,三者交集的靶点有18个.通过PPI网络分析共得到HMOX1、TP53、EGFR、JUN、HIF1A、VEGFA、PTGS2等7个关键靶点.主要涉及通路有流体剪切应力和动脉粥样硬化、化学致癌-活性氧、MAPK通路等.结论 银杏叶调控PD中铁死亡途径可能与HMOX1、TP53、EGFR、JUN、HIF1A、VEGFA、PTGS2等靶点有关,涉及化学致癌-活性氧、MAPK等信号通路.
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