换一批基于简化基因组技术的啤酒花栽培种和野生种SNP位点开发及遗传结构分析
SNP loci development and genetic structure of cultivated and wild individuals of Humulus lupulus using SLAF-seq
摘要目的 为揭示新疆啤酒花Humulus lupulus野生与栽培个体间的遗传关系、遗传结构及野生资源的遗传潜力.方法 利用SLAF-seq简化基因组测序技术,对新疆20个野生个体和18个栽培个体的SNP位点进行了开发与鉴定.利用系统发育分析、群体遗传结构分析和主成分分析(principal component analysis,PCA)等方法,从基因组水平揭示了野生种与栽培种之间的遗传结构.结果 结果表明,通过SLAF-seq测序共获得863228个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有443922个,共获得2867140个SNP位点.系统发育分析表明,野生个体和栽培个体整体上可各自分为2个聚类簇.总的Shanon-Wiener指数平均为0.397,其中野生个体为0.455,栽培个体为0.398;总的Nei多样性指数平均为0.249,其中野生个体为0.293,栽培个体为0.250.AMOVA分析表明,啤酒花的主要遗传变异主要来源于群体间,野生个体与栽培个体之间具有较大的遗传分化.结论 新疆分布的野生啤酒花个体与栽培个体之间存在较大的遗传分化,但是野生啤酒花个体具有较高的遗传多样性,说明新疆啤酒花的野生资源具有较高的遗传育种潜力.
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