系统性鉴定长非编码RNA MALAT1调控的微小RNA

Comprehensive Identification of MicroRNAs Regulated by Long Non-coding RNA MALAT1

二维码有效期 120s

摘要背景与目的长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）在肿瘤的发生、侵袭转移等过程中发挥着重要的调控作用。本研究通过实验和生物信息学手段系统性研究lncRNA MALAT1调控的微小RNA（microRNA, miRNA）。方法设计特异性敲减MALAT1的反义寡核苷酸（antisense oligonucleotides, ASO），在A549细胞中敲减MALAT1，通过TqaMan Low Density Array（TLDA）芯片研究敲减MALAT1后miRNA表达变化；使用基因集富集分析（gene set enrichment analysis, GSEA）方法分析敲减MALAT1之后差异表达基因，寻找富集的miRNA。结果 ASO有效降低了MALAT1表达，敲减MALAT1之后153个miRNA表达显著变化，其中131个miRNA表达上调，22个miRNA表达下调。在A549细胞中敲减MALAT1后，458个基因发生显著差异表达，GSEA分析发现多个miRNA在差异表达基因中被显著富集。对TLDA和GSEA数据取交集并进一步分析确认28个被MALAT1调控的miRNA。结论本研究系统鉴定了MALAT1对miRNA的调控，为进一步研究提供了基础。

作者张海天 ^[1] 王国祥 ^[2] 尹荣 ^[3] 邱满堂 ^[3] 许林 ^[3] 学术成果认领

作者单位徐州医科大学临床医学系,徐州,221004 ^[1] 徐州医科大学附属医院心胸外科,徐州,221000 ^[2] 南京医科大学附属江苏省肿瘤医院胸外科/江苏省恶性肿瘤分子生物学及转化医学重点实验室,南京,210009 ^[3]

关键词长非编码RNA MALAT1 microRNA 生物信息学 Long non-coding RNA MALAT1 MicroRNAs Bioinformatics

主题词性(Sex)计算生物学(Computational Biology)研究(Research)基因(Genes)方法(Methods)

栏目名称 基础研究

DOI 10.3779/j.issn.1009-3419.2016.05.11

发布时间 2016-06-17

基金项目

国家自然科学基金 江苏省高校自然科学基金 江苏省重大疾病生物资源样本库(No.BM2015004)项目资助@@@@This study was supported by the grants from National Natural Science Foundation of China (to Lin XU)(No.81372321)(to Rong YIN) Natural Science Foundation for High Education of Jiangsu Province (to Rong YIN) Jiangsu Province BioBank of Major Diseases (to Lin XU)