换一批
换一批运用生物信息学策略对宫颈癌易感基因HLA-DRB1编码区SNPs的筛选和验证
Screening and verification of HLA-DRB1 gene coding region SNPs of susceptibility for cervical cancer by bioinformatical strategy
摘要目的:用生物信息学的方法筛选宫颈癌易感基因HLA-DRB1编码区的单核苷酸多态性(coding single nucleotide polymorphisms,cSNPs)位点,并对其多态性的变异是否会导致基因的功能异常进行分析和验证.方法:以dbSNP数据库的SNPs为来源,使用专业软件对HLA-DRB1基因编码区的SNPs进行评价和分析,然后对候选SNPs位点在病例对照组中验证.结果:在HLA-DRB1基因的编码区发现3个SNPs(rs1059582、rs1059576、rs1059586)的变化会引发错义突变,PSSM Difference值(接近或大于10)较高,预测该SNPs为有害突变.其中rs1059586在宫颈癌组中的基因型分布与对照组不同,差异有统计学意义(P=0.029).结论:生物信息学与病例对照研究相结合研究复杂疾病相关SNPs位点简便、经济、高效,对研究遗传标记与复杂性疾病的关系有重要意义.
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主题词
计算生物学(Computational Biology)基因(Genes)多态性, 单核苷酸(Polymorphism, Single Nucleotide)人类(Humans)白细胞(Leukocytes)
分类号
R737.33
栏目名称
发布时间
2010-06-22
基金项目
天津医科大学校级攻关基金（2006KY02）
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