换一批
换一批Ezrin蛋白mRNA的一、二级结构分析和反义技术作用靶点设计
Primary and secondary structure analysis and antisense technology target sites designation of Ezrin mRNA
摘要目的 分析肿瘤远处转移相关蛋白Ezrin Mrna的一、二级结构,寻找其各种反义技术作用的靶点.方法 利用RNAdraw和RNAstructure两种计算机程序对Ezrin Mrna进行分析计算,得到其一、二级结构信息,选择两种程序计算出的共同的连续4个以上碱基未配对的单链成环区作为反义技术的靶区域,设计反义寡核苷酸(AsODNs)、核酶(Ribozyme)、脱氧核酶(DNAzyme or Deoxyribozyme)和小干扰RNA(SiRNA)等4种常用反义技术的作用靶点,再通过计算机程序OligoWalk利用最低自由能原则进行筛选,最后得到各反义技术的作用靶点.结果 各反义技术的靶点数目分别为:AsODNs17个,Ribozyme5个,DNAzymel5个,SiRNA10个;其中AsODNs靶点中较为理想的为G1749-A1771和C1777-G1794,Ribozyme为A2359-G2360,DNAzyme为A1789-U1790、A1756-G1757及A1784-G1785,SiRNA为G802-G808、G1749-A1771及A2354-G2360,并且A2354-G2360是所有4种反义技术共同的作用区域,可以作为一个通用靶点.结论 正确的靶点设计为应用反义技术抑制Ezrin表达从而控制恶性肿瘤的远处转移提供了有效的指导作用.
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