2013-2022年云南地区猪肠病毒G型的分子流行病学调查
Molecular Epidemiological Survey of Porcine Enterovirus Type G in Yunnan from 2013 to 2022
摘要[目的]了解肠病毒G型(Enterovirus G,EV-G)在云南地区猪场中的流行状况及其分子特征,为云南地区EV-G的防控提供理论依据.[方法]根据EV-G的5'-非翻译区(UTR)保守区域设计引物,RT-PCR扩增监测2013-2022年云南地区猪临床腹泻样品的EV-G阳性率,从阳性样品来源的区域、猪群结构及类型分析EV-G在云南地区的感染情况.利用EV-G VP 1基因巢式PCR引物,通过RT-PCR扩增EV-G VP1基因全序列;采用MegAlign软件分析EV-G云南株的VP1序列与EV-G的20个基因型标准株的相似性及关键氨基酸突变,采用Mega 7.0软件构建VP1基因的遗传进化树,并通过Protean软件的Jameson-Wolf分析法对VP1蛋白进行抗原指数分析.[结果]云南地区2013-2022年收集的1 941份临床样品EV-G总阳性率为19.42%(377/1 941),其中大理(54.54%)、玉溪(45.45%)、红河(43.24%)猪群的EV-G感染阳性率明显高于云南其他地区;乳猪(25.19%)和保育猪(24.68%)2个年龄组的猪群阳性感染率高于其他猪群;肛拭子阳性样品的检出率(53.58%)高于肠道内容物(29.71%)及粪便(16.71%)样品.基于20株EV-G代表株VP1基因序列相似性分析及遗传进化表明,17个云南株为EV-G1型,2株为EV-G6型,1株为EV-G17型.17个EV-G1基因型云南分离株VP1蛋白在第125-150、170-190位氨基酸处抗原指数活跃度显著增强,此区域同时存在多个亲水性氨基酸位点的突变,如P127S、P143S、G146R、P188S.[结论]EV-G1、EV-G6和EV-G17等多种基因型在云南地区猪群中流行,以EV-G1型流行为主.EV-G1基因型云南分离株的VP1蛋白在第125-150、170-190位氨基酸处存在显著的抗原活跃度,可能介导EV-G1基因型毒株在云南的感染和流行.
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