换一批貉外周血单核细胞转录组RNA-Seq数据的de novo拼接和信息比对研究
De novo splicing and information study of PBMCs RNA-Seq transcription of raccoon dog
摘要为从转录组水平上分析貉免疫分子相关信息,深入了解并研究其免疫防御机制,本研究采用2代测序技术,对貉外周血单核细胞(PBMCs)进行了RNA-Seq测序、de novo拼接和信息比对研究.结果表明,转录组测序共得到3.1 GB的原始数据,共32 245 804个读长,去除载体信息的数据量为28 797 350个读长.经质量控制和de novo拼接后,对组装的转录本利用TransDecoder鉴定编码区域,共获得118 868条貉转录本,其平均长度为525.53 nt.利用Trinotate对ORF和contigs进行功能注释,利用Uniprot database、RNAMMER、eggNOG、GO、KEGG对预测的序列进行注释.结果显示,COG功能注释中信号转导机制(T)及防御机理(V),KEGG注释通路中B/T-细胞受体信号通路、TLR/NLR/RIR受体信号通路、吞噬体通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性通路均与貉免疫应答和抗病相关.本研究为后续开展貉进化研究及免疫机制研究提供参考,为貉全基因组测序项目提供较好的注释基础.
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