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大口黑鲈弹状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

Establishment and application of TaqMan qPCR assay for the detection of Micropterus salmoides rhabdovirus

摘要为建立快速、敏感的大口黑鲈弹状病毒(MSRV)流行株TaqMan荧光定量PCR(qPCR)方法,本研究采用NCBI分析MSRV流行株N基因的保守序列,设计特异性引物和TaqMan探针,以构建的并经PCR和测序鉴定正确的重组质粒标准品pMD18-MSRV-N为模板,通过优化各反应条件初步建立MSRV的TaqMan qPCR检测方法.结果显示,建立的TaqMan qPCR方法标准曲线的R2为0.9906,质粒标准品在6.79×108拷贝/μL~6.79×102拷贝/μL范围内与Ct值均存在较好的线性关系.采用该方法检测MSRV及相关病毒,评估该方法的特异性,结果显示,该方法可以特异性检测MSRV,而草鱼出血病病毒、神经坏死病毒、鲤春病毒血症病毒、大口黑鲈双RNA病毒、鳜蛙虹彩病毒、传染性脾肾坏死病毒、石斑鱼虹彩病毒、大口黑鲈蛙虹彩病毒等8种常见鱼类病毒检测结果均为阴性;采用建立的方法检测不同浓度的质粒标准品(6.79×108拷贝/μL~6.79×101拷贝/μL),评估该方法的敏感性,结果显示,该方法的检测限为6.79×102拷贝/μL,比文献中的常规PCR方法敏感1 000倍;以不同批次或同一批次提取的不同浓度的质粒标准品作为模板,分别利用该方法检测,评估该方法的重复性,结果显示,该方法批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%.采用该方法和文献中的常规PCR同时检测71份临床发病的大口黑鲈、鳜鱼、鲮鱼组织样品,结果显示阳性率为16.9%(12/71),阴性率为83.1%(59/71),且阳性样品均是从发病大口黑鲈的组织样品中检测到,而发病的鳜鱼、鲮鱼组织样品中均未检测到该病毒;常规PCR方法的阳性率为9.9%(7/71),阴性率为90.1%(64/71),二者的总符合率为93.0%.本研究建立的MSRV TaqMan qPCR方法特异性强、敏感性高、重复性和准确性均较好,可用于大口黑鲈临床样品的检测,为MSRV的快速检测提供了可行的技术手段.

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作者 孔明慧 [1] 梁红茹 [2] 李宁求 [2] 林强 [2] 牛银杰 [2] 罗霞 [2] 马宝福 [2] 付小哲 [2] 学术成果认领
作者单位 上海海洋大学 水产与生命学院,上海 201306;中国水产科学研究院珠江水产研究所 农村农业部渔用药物创制重点实验室/广东省水产动物免疫技术与绿色养殖重点实验室,广东 广州 510380 [1] 中国水产科学研究院珠江水产研究所 农村农业部渔用药物创制重点实验室/广东省水产动物免疫技术与绿色养殖重点实验室,广东 广州 510380 [2]
分类号 S941.6
栏目名称
DOI 10.3969/j.issn.1008-0589.202310007
发布时间 2024-07-24(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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中国预防兽医学报

中国预防兽医学报

2024年46卷4期

379-384页

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