换一批
换一批摘要目的 利用生物信息学工具筛选在肺纤维化中差异表达的基因及信号通路,为肺纤维化的研究提供新思路.方法 在高通量基因表达(GEO)数据库中搜索"Idiopathic?pulmonary?fibrosis",下载含正常肺组织和肺纤维化的芯片数据集GSE53845,使用GEO2R分析并筛选出IPF和正常肺组织之间的差异表达基因.通过DAVID网站对筛选出的基因进行富集分析,利用STRING数据库对获得的差异基因进行蛋白互作(PPI)网络构建.最终通过Cytoscape对PPI网络进行可视化分析并筛选核心基因.结果 IPF组织中涉及差异表达基因共148个,其中高表达108个,低表达40个.GO富集分析显示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、细胞因子活性等;KEGG通路富集分析显示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路等.通过STRING数据库和Cytoscape软件筛选出趋化因子、基质金属蛋白酶等核心基因.其中趋化因子、细胞因子等基因与肺纤维化的发生发展关系密切.结论 趋化因子、细胞因子等基因表达可能在肺纤维化的发生发展过程中起重要作用.
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