换一批基于RNA-Seq技术的谷子新基因发掘及基因结构优化
Identiifcation of novel genes and optimization of annotated genes in foxtail millet by RNA-Seq technology
摘要尽管谷子(Setaria italica)全基因组序列图谱已经公布,但其基因注释很不完善。为此,本文应用RNA-Seq技术开展了谷子新基因发掘和已注释基因结构优化工作。以‘晋谷21’谷子叶片为材料提取总RNA,构建测序文库并利用Illumina HiSeq 2500测序平台进行双端测序,最终获得37072949条高质量的干净读段(clean reads)。将其进一步与‘豫谷1号’谷子参考基因组进行序列比对,鉴定出614个新基因。在此基础上,利用COG、GO、KEGG、Swiss-Prot和NR等数据库对其进行了功能注释,获得了438个新基因的注释信息。此外,还优化了7175个已注释基因的结构,延伸了4330个基因的5′端和5362个基因的3′端。本研究旨在为后续谷子功能基因组学研究和其他生物基因组注释信息的完善提供有益的借鉴。
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谷子RNA-Seq转录组新基因发掘基因结构优化foxtail milletRNA-Seqtranscriptomenovel gene identiifcationgene structural optimization
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2016-09-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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